許可の種類や申請の内容によって異なります。
建設業許可は知事許可と大臣許可に区分され、それぞれに一般許可と特定許可があります。営業所が複数の都道府県にまたがっている場合は大臣許可、一つの都道府県にしか営業所が無い場合は知事許可となります。元請として工事を請けて下請けに工事に出す金額が4,500万円（建築一式は7,000万円）を超える場合は特定許可、それ以外は一般許可が必要になります。
役所に支払う手数料はこの申請の種類や組み合わせによって決まります。
新規申請で一般許可のみか特定許可のみの申請なら、大臣許可で許可手数料は15万円で、知事許可で9万円となります。
大臣許可と知事許可の両方の許可を受けることはありませんが、特定許可と一般許可の両方を取るケースはあり得ます。例えば、建築は特定許可、管は一般許可というように許可を受ける場合です。この場合、それぞれの手数料がかかり、大臣許可の場合は30万円、知事許可の場合は18万円が必要となります。
申請する業種の数で手数料は変わりません
一度の申請であれば、何業種申請しても手数料が変わることはありません。内装仕上げ工事業だけで申請しても、建築一式・内装仕上げ・大工の3業種で申請を出しても手数料は同じです。ただ、後から業種追加をすると、大臣許可の場合は10万円、知事許可の場合は5万円の手数料がかかります。業種追加の場合も一度に申請するのであれば何業種でも同じ手数料で申請が可能であり、特定許可と一般許可の申請するのであれば、それぞれの手数料が掛かることになります。
まとめ
まず、大臣許可と知事許可で手数料が異なり、一般許可と特定許可を両方受ける場合は、それぞれ別の申請ですので手数料が2倍になります。また一度の申請であれば何業種でも手数料は変わりません。
経営業務の管理責任者の経験が5年以上あり、専任技術者に資格を持っている人がいる場合など、複数業種を取得することが可能なことがあります。業務を行わない許可は不要かもしれませんが、何かの拍子に役に立つことがあります。許可を受けていて不利になることは考えられないので、取れるものは取ってしまうという方がいいかもしれません。
